GJB2基因、LCE基因簇多态性与内蒙古蒙汉族寻常型银屑病关联性分析

作     者：郭燕 

作者单位：内蒙古医科大学 

学位级别：硕士

导师姓名：韩建文

授予年度：2021年

学科分类：1002[医学-临床医学] 100206[医学-皮肤病与性病学] 10[医学] 

主      题：银屑病 GJB2基因 LCE基因簇 HLA抗原 交互作用 

摘      要：目的:1.明确GJB2基因多态性与内蒙古汉族及蒙古族寻常型银屑病的相关性;2.明确LCE基因簇多态性与内蒙古汉族及蒙古族寻常型银屑病的相关性;3.以HLA-Cw*06:02分层分析,GJB2基因、LCE基因簇多态性与内蒙古汉族及蒙古族寻常型银屑病的相关性,及其与HLA-Cw*06:02的交互作用。方法:收集2012年12月至今于内蒙古医科大学附属医院住院的寻常型银屑病患者1409例(病例组包括汉族1030例、蒙古族379例),健康对照1483例(对照组包括汉族965例、蒙古族518例)。收集研究对象外周静脉血(抗凝全血)-80℃保存备用,选择既往报道与银屑病相关的7个单核苷酸多态性(SNP),LCE(rs4085613、rs4112788、rs512208、rs1886734、rs4845454)和GJB2(rs3751385、rs72474224),利用二代测序法进行基因多态性检测;利用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)对HLA-Cw*06:02和LCE3C＿3B插入/缺失拷贝数变异(LCE3C＿3B-CNV)进行基因分型。所有遗传变异分型数据质控、等位基因及基因频率比较采用PLINK1.07软件,通过卡方检验(χ)比较最小等位基因频率(MAF),并计算最小等位基因的优势比(OR)及其95%置信区间(95%CI),所有统计检验均采用双侧概率检验,以α=0.05为检验标准,P0.05为差异有统计学意义,R×C列联表卡方检验分析LCE基因簇区域基因多态性单倍型。结果:1.汉族人群中,发现7个遗传变异的等位基因频率在病例组和对照组间有显著性差异(P0.05),包括位于LCE3D上的rs4085613(P=7.06E-08,OR=0.6936,95%CI=0.607-0.7924),rs4112788(P=1.26E-07,OR=0.698,95%CI=0.6107-0.7977),rs512208(P=1.50E-06,OR=1.41,95%CI=1.225-1.622),位于L CE3A上的rs1886734(P=8.50E-08,OR=0.6966,95%CI=0.6102-0.7953),rs4845454(P=4.66E-08,OR=0.6914,95%CI=0.6056-0.7895),LCE3C＿3B-CNV(P=1.85E-07,OR=0.7019,95%CI=0.6144-0.802),位于GJB2上的rs72474224(P=0.009663,OR=1.761,95%CI=1.141-2.718)。2.蒙古族人群中,发现4个遗传变异等位基因频率在病例组和对照组间有显著性差异(P0.05),包括位于LCE3D的rs4085613(P=0.02154,OR=0.7973,95%CI=0.6571-0.9673),LCE3A的rs1886734(P=0.01129,OR=0.7806,95%CI=0.6445-0.9456),rs4845454(P=0.01149,OR=0.781,95%CI=0.6447-0.9462),L CE3C＿3B-CNV(P=0.02025,OR=0.7954,95%CI=0.6556-0.9651)。3基于汉族人群HLA-Cw*06:02分层分析,HLA-Cw*06:02阳性样本中发现6个遗传变异的等位基因频率在病例组与对照组间有显著性差异(P0.05),包括位于LCE3D的rs4085613(P=0.000282,OR=0.63,95%CI=0.4904-0.8092),rs4112788(P=0.000322,OR=0.632,95%CI=0.4916-0.8123),rs512208(P=0.000217,OR=1.685,95%CI=1.276-2.227),LCE3A的rs1886734(P=0.00054,O R=0.6438,95%CI=0.5011-0.827),rs4845454(P=0.000357,OR=0.6355,95%CI=0.4949-0.8159),LCE3C＿3B-CNV(P=0.000453,OR=0.6409,95%CI=0.4993-0.8226)。HLA-Cw*06:02阴性样本中,发现6个遗传变异的等位基因频率在病例组与对照组间有显著性差异(P0.05),包括LCE3D的rs4085613(P=0.002893,OR=0.7524,95%CI=0.6237-0.9075),rs4112788(P=0.003379,OR=0.7552,95%CI=0.6258-0.9114),rs512208(P=0.003931,OR=1.333,95%CI=1.096-1.621),LCE3A的rs1886734(P=0.001318,