Characterization of Viromes of the Ticks in Central and Eastern China

作     者：SEONGJIN WANG 

作者单位：上海交通大学 

学位级别：硕士

导师姓名：崔立

授予年度：2020年

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：蜱 宏基因组学生物信息学 布尼亚病毒 犬圆环病毒 蜱病毒 

摘      要：蜱是对人类和动物健康构成威胁的各种传染病的主要传播媒介。到目前为止,还没有发表过使用高通量二代测序研究中国东中部不同动物寄生蜱中病毒多样性的论文。本研究使用宏基因组学方法来揭示2017年和2018年蜱类病毒的多样性和丰富性。从犬,牛,山羊/绵羊和猪等宿主身上鉴定出四种蜱,包括血红扇头蜱、图兰扇头蜱、长角血蜱和黄血蜱。通过Miseq平台测序,在由258个蜱虫构建的40个蜱虫库中获得了15,020,533个高质量序列。修剪后得到7,578,983个序列,其中128,799个序列可以注释为病毒。属于ss RNA病毒的序列占93.08%（99,489/106,882）,属于ss DNA病毒的序列占3.67%（3,926/106,882）。多样性分析表明,与昌平蜱病毒2型（Changping tick virus 2）、伯乐蜱病毒3型（Bole tick virus 3）相关的大量非分类病毒的存在,似乎是区分类群间病毒多样性的重要因素。病毒谱分析研究表明,大多数病毒序列与未分类的病毒具有最接近的序列一致性。随后,与动物病毒中白纤病毒科（Phenuiviridae）、圆环病毒科,及植物病毒中的virgaviridae病毒重叠群序列相似病毒也被确定为第二常见的病毒序列。部分病毒序列与昆虫病毒、噬菌体和巨型病毒具有同源性。这些结果反映了寄主的饮食和生活习惯。对布尼亚病毒属的系统进化分析表明,已鉴定的重叠群与白纤病毒科（phenuiviridae,）,内罗病毒科（nairoviridae,）,泛布尼亚病毒科（peribunyaviridae）和未分类家族具有亲缘关系。但这些新发现的布尼亚病毒对人类和动物健康的意义还有待进一步研究。还确定了代表三个病毒科的大型重叠群,包括猪流感病毒科,细小病毒科和非分类家族。这些重叠群的一些序列与现有的病毒序列具有高度分歧的氨基酸特征。此外,我们还在警犬的蜱虫中发现了第一株犬圆环病毒,表明,蜱可以携带犬圆环病毒,而这种病毒可能是通过这些蜱为载体进行传播,这突出了它感染其他犬科宿主的能力。综上所述,我们的研究揭示了中国东中部蜱虫中存在多种病毒群落。我们的研究增加了对病毒多样性的了解,并扩展了对中国东中部蜱虫所携带的病毒谱的认识。