猪细小病毒结构蛋白VP2的分子特征

作     者：甘跃灵 

作者单位：福建农林大学 

学位级别：硕士

导师姓名：修金生;许嘉云

授予年度：2014年

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：猪细小病毒 结构蛋白2 分子特征 遗传进化分析 

摘      要：猪细小病毒为细小病毒科细小病毒亚科细小病毒属成员。猪细小病毒是单股负链线性DNA病毒,病毒直径约为20nm左右。猪细小病毒为无囊膜的二十面体结构,其蛋白外鞘由60个次蛋白衣壳构成。猪细小病毒能够引起猪的繁殖障碍,主要表现为怀孕母猪引起胎儿木乃伊化、流产、新生仔猪死亡等。猪细小病毒基因组大小约为5Kb左右,包含有2个完整的开放阅读框(ORF),3’端的ORF编码非结构蛋白NS,5’端的ORF编码结构蛋白VP。结构蛋白VP又可细分为VP1蛋白和VP2蛋白。本研究根据GenBank中登录的猪细小病毒VP2基因序列特征设计特异性引物,采用PCR方法对从福建省某疑似猪细小病毒感染的死胎中分离的猪细小病毒福建株中扩增其VP2基因,将扩增后的目的片段经胶回收后克隆测序。结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的VP2开放阅读框。VP2基因全长为1740bp,编码有579个氨基酸,蛋白大小为64.287 Kd,强碱性氨基酸(K、R)37个,强酸性氨基酸(D、E)48个,疏水性氨基酸(A、1、L、F、W、V)159个,极性氨基酸(N、C、Q、S、T、Y)213个。所编码的VP2蛋白理论等电点为5.81。负电荷氨基酸残基(Asp+Glu)48个,正电荷氨基酸残基(Arg+Lys)37个。不稳定系数为38.54,属于稳定蛋白质类。脂肪族氨基酸指数为67.06,平均亲水性(GARVY)为-0.568。本研究克隆得到的猪细小病毒VP2基因和Genbank中登陆的猪细小病毒核苷酸同源性最高的是JY株(Genbank登录号HM627652),同源性高达99.6%;同源性最低的是Vaccine IDT株(Genbank登录号AY684872),同源性也高达为98.2%。通过绘制的VP2基因遗传进化可以看出,猪细小病毒可以分为2个比较大的遗传分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ)。其中分支Ⅰ又可细分为4个小的遗传进化分支(ⅠA、ⅠB、ⅠC和ⅠD),分支Ⅱ又可细分为2个小的遗传进化分支(ⅡE和ⅡF)。从相互之间的遗传关系可以看出,猪细小病毒分离株不具有明显的地域特征和时间性。