牦牛CYGB基因序列分析及其内含子多态性研究

作     者：孙雪婧 

作者单位：甘肃农业大学 

学位级别：硕士

导师姓名：杨孝朴;刘霞

授予年度：2014年

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

主      题：牦牛 CYGB基因 序列分析 遗传多态性 

摘      要：为了丰富牦牛细胞红蛋白（Cytoglobin，CYGB）遗传信息，本研究对牦牛的CYGB基因进行了克隆，成功获得了全序列，并运用Lasergene7、PredictProtein等相关的生物学软件预测分析了CYGB的基因编码序列、氨基酸序列、基本理化性质、高级结构等;同时采用PCR-SSCP技术检测了300头甘南牦牛和283头甘肃河西地区西门塔尔牛CYGB基因的3个内含子部分扩增区段的遗传多态性。 1.牦牛CYGB基因的克隆与生物信息学分析结果显示：克隆获得的牦牛CYGB基因序列全长8484bp，包括4个外显子和3个内含子，外显子的大小分别为143bp，232bp，164bp和34bp，内含子的大小分别为5175bp，280bp和2379bp;牦牛CYGB基因的G+C%（60.32%）比例大于A+T%(39.68%);牦牛CYGB基因的ORF编码一个有190个氨基酸残基构成的可溶性蛋白，其相对分子质量为21399Da，理论等电点（pI）为6.32，其二级结构由α-螺旋（64%）和无规卷曲（36%）构成，归为全α类蛋白;牦牛CYGB系统进化与物种进化基本一致，且与黄牛、绵羊等物种之间的同源性在93%以上;牦牛CYGB主要定位于细胞质中，推测可能在能量代谢和辅因子的生物合成等过程中发挥信号转导、转录调控等作用。 ***基因3个内含子部分区域的PCR-SSCP及测序分析结果表明：P5引物扩增的181bp的部分内含子1中，牦牛受A、B、C等位基因控制，存在3种基因型，分别定义为AA、AB和AC，而西门塔尔牛在此区段无多态性，只检测出DD型;P6引物PCR扩增的319bp的内含子2及部分外显子区域中，牦牛受A、B、C、D等位基因控制，形成4种基因型，分别定义为AA、AB、AC、AD，西门塔尔牛受E、F等位基因控制，发现2种基因型，分别定义为EE、EF;P7引物扩增的300bp的内含子3部分区段中，牦牛只受A和B等位基因控制，存在2种基因型，分别定义为AA、AB，西门塔尔牛受C、D、E等位基因控制，发现3种基因型，分别定义为CC、CD和CE。