玉筋鱼微卫星标记的筛选及种群SSR分析

作     者：任桂静 

作者单位：中国海洋大学 

学位级别：硕士

导师姓名：高天翔

授予年度：2009年

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

主      题：玉筋鱼 微卫星 多态性 遗传分化 

摘      要：玉筋鱼(Ammodytes personatus Girard)属玉筋鱼亚目、玉筋鱼科、玉筋鱼属,俗称面条鱼、沙钻,为冷温性小型鱼类,我国的渤海、黄海北部及朝鲜半岛、日本和俄罗斯远东海区都有分布。为研究玉筋鱼的群体遗传结构,本研究采用富集文库法构建玉筋鱼的部分基因组文库,根据自行分离得到的序列设计引物,11对引物扩增出条带清晰,多态性高的目的片段。利用其中的的6对引物(Ape104,Ape327,Ape341,Ape315,Ape302,Ape319)对青岛、爱知、福冈、礼文岛和石狩湾5个群体进行群体遗传多样性研究。论文主要研究结果如下: 1.提取玉筋鱼基因组DNA,利用富集文库法构建其基因组文库,筛选得到88条含微卫星的序列,根据序列设计的31对引物中,11对可以扩增出典型的微卫星条带。利用36个个体对能够扩增微卫星条带的位点进行PCR扩增,结果显示11对引物均具有较高的多态性。多态性引物中,扩增出的等位基因数目从8到27个不等,平均等位基因数目为14.9,观测杂合度和期望杂合度分别为0.441到0.886和0.818到0.965。 2.在本研究中,6对微卫星引物在5个群体中共扩增得到124个等位基因,等位基因数在9-27之间,平均每个位点得到20.7个等位基因。有效等位基因数在6.7-22.4之间,平均每个位点检测到15.7个有效等位基因。五个群体的平均观测杂合度在0.60-0.86之间,平均期望杂合度介于0.84-0.92之间。六个位点均有较高的多态信息含量(PIC),其值介于0.83-0.95之间。 3.根据Nei(1972)计算种群间标准遗传距离和遗传相似性系数。玉筋鱼5个不同群体间的遗传相似性系数为0.555-0.783,遗传距离为0.352-0.684;表明5个群体间有一定的遗传差异。其中,礼文岛(Rebun Island)与爱知(Aichi)这2个群体间遗传变异程度最高,亲缘关系最远;石狩湾(Ishikari Bay)与礼文岛(Rebun Island)的遗传相似性系数最大,遗传距离最近。其聚类关系树将5个群体分为2支。福冈,爱知,青岛群体聚为一支,礼文岛与石狩湾群体(属于其研究的北部玉筋鱼群体)聚为一支。 4.在5个玉筋鱼群体平均遗传分化指数(F)在0.0078-0.0365之间。北部群体即石狩湾和礼文岛之间的遗传分化指数为0.0078;显著性水平大于0.05。南部群体和北部群体之间的遗传分化指数在0.0265-0.0365之间,显著性水平均小于0.01。利用Arlequin ver3.01软件,计算南北组群之间的遗传分化系数为0.0143,而组群内部之间的遗传分化值为0.0139。AMOVA分析结果显示玉筋鱼南北组群之间的变异占1.43%,相应的组群内部之间的变异为1.39%;而来自个体之间的变异贡献率95.19%。组群之间的遗传分化与群体之间的遗传分化基本一致,证明玉筋鱼5个群体仍处于种内水平的变异。