山羊MPO和IDO1基因变异分析

作     者：阿达马（Adama Mara） 

作者单位：华中农业大学 

学位级别：硕士

导师姓名：姜勋平

授予年度：2014年

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

主      题：Indoleamine1 Myeloperoxydase SNP Variation genetic Positive Selection 

摘      要：本研究旨在研究山羊IDO1和MPO基因受到正选择的单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)。在研究中,我们通过测定脱氧核糖核酸序列的方法得到了106只山羊中IDO1基因的多态性,最终在IDO1序列的外显子2-3和外显子10区域中共得到了5个突变位点。随后对IDO1基因外显子2-3(G290A;T309C)和外显子10(G290A;T309C)的进行基因分型,并通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)检测多态性位点。我们在MPO基因的外显子3-4中发现了一些突变,但是并未导致氨基酸变化。由于密码子的简并性,这些突变并未改变编码蛋白的氨基酸序列,最终成为对机体没有影响的沉默突变。 系统发生分析表明,山羊IDO1和MPO基因与绵羊具有最高的相似性,高达98%和99%,与此同时山羊MPO基因与斑马鱼和小鼠仅有72%和83%的相似性。通过似然比检验,在使用朴素贝叶斯方法(Naive Empirical Bayes, NEB)分析正选择M8位点时候发现,IDO1和MPO表现出了较为丰富的参数信息。结果显示IDO1基因中有10个位点受到正选择(IDO1的LRTs分别为3.184和18.858,MPO为33.124)。这些位点包括350R、371N、398L、400T、302E、435T、231K、213I、210Y、18T (P0.95);MPO有五个位点51E、652E(P0.95)、325S、742S、765G(P0.99)。由于只有大约15%的褪黑素是通过这条通路被分解的并且在这个通路中的相同位点上,这两个基因承担的任务相同。因此,我们推测IDO1和MPO基因在进化过程中受到正选择驱动。