马铜绿假单胞菌全基因组重测序研究

作     者：韩海格 

作者单位：内蒙古农业大学 

学位级别：硕士

导师姓名：芒来

授予年度：2014年

学科分类：090603[农学-临床兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

主      题：马 铜绿假单胞菌 全基因组重测序 功能注释 

摘      要：铜绿假单胞菌是广泛存在于自然界的人类及其它动物的病原体。当宿主正常防御机制被受损时,铜绿假单胞菌可从带菌状态发展为感染状态,甚至对多种抗生素产生耐药性。本研究对马血液中的铜绿假单胞菌构建TruSeq DNA文库,利用Illumina Miseq平台进行全基因组重测序,筛选其重要的SNPs和InDels并进行功能注释,为进一步研究马铜绿假单胞菌的致病机制打下基础。实验结果如下： 1全基因组重测序结果 总共获得大约51万对reads,插入片段为450bp,读长为170-220bp。测序得到的数据在参考基因组上进行比对发现片段配对率为93%,覆盖率为96.8%。检测到7990个SNP,其中纯合SNP为7903个,杂合SNP为87个;存在99个InDels,其中纯合InDels为97个,杂合InDels为2个。 2功能注释结果 根据SNPs和InDels分布进行COG和GO功能注释。根据COG数据库主要被归类为：氨基酸转运和代谢,信号传导机制,次生代谢产物的生物合成、转运和分解代谢及其它的一些未知功能;根据G0数据库被归类为：膜合成,ATP结合,氧化还原过程,DNA模板和转录调控,磷酸转移信号转导系统等。使用KEGG数据库对SNPs和InDels分布进行信号通路分析,涉及到的主要通路有代谢途径和二元物系。