LMP基因多态性与丙型肝炎病毒感染的相关性研究

作     者：张华 

作者单位：北京协和医学院 

学位级别：硕士

导师姓名：史荔

授予年度：2013年

学科分类：1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

主      题：HCV LMP基因 HLA-G基因14bp插入/缺失多态性 关联性分析 

摘      要：适应性免疫应答是宿主控制病毒感染的重要手段。作为抗原加工和呈递的中枢—人类白细胞抗原(human leucocyte antigen, HLA)系统,在对特定病毒的有效应答中起着核心作用。病毒感染和清除是机体抗原呈递通路联合作用的结果。目前研究认为：HLAI类抗原呈递通路中参与抗原肽产生,转运和呈递的基因可能存在共同进化,共同进化将有助于细胞因子对这些基因的调控,更好的进行抗原呈递。已有研究表明低分子量多肽(low molecular weight protein, LMP)基因和HLA-G基因14bp插入/缺失的多态性与一系列的感染性疾病的发生、发展有着密切的关联。近年来,国内外一些研究报道了IMP基因与丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)感染的关联研究,但是由于种族和人群的差异,结果并不完全一致。因此,对不同民族、不同样本的研究显得非常重要。 本研究以云南地区HCV感染者232名,正常健康对照362名作为研究对象,进行第一分部分实验研究;以云南地区HCV感染者243名,正常健康对照448名作为研究对象,进行第二部分实验研究。第一部分为LMP因与HCV感染的关联研究：采用聚合酶链反应直接测序(Polymerase chain reaction-sequence based typing, PCR-SBT)方法对云南汉族正常人群及HCV感染者LMP因进行分型,进行HCV感染的关联分析。第二部分为HLA-G因14bp插入/缺失多态与HCV感染的关联研究：采用序列特异引物引导的PCR反应(Polymerase chain reaction-sequence specific primer, PCR-SSP)的方法检测云南汉族正常人群及HCV感染者HLA-G因第八外显子3’UTR的一个14bp插入/缺失多态位点分布,进行HCV感染的关联分析。 结果：(1)对照组和HCV病例组LMP基因6个位点和HLA-G基因14bp插入/缺失的多态性位点等位基因的频率分布均符合HWE平衡,人群具有代表性。(2)共检测出LMP基因的6个多态性位点：rs17587、rs2071477、rs2071476、rs2071542、rs2071543、rs6924102,对照组中频率为：rs17587的A和G等位基因频率分别为0.210和0.790,rs2071477的C和T等位基因频率分别为0.386和0.614,rs2071476的A和G等位基因频率分别为0.620和0.380;rs2071542的C和T等位基因频率分别为0.066和0.934,rs2071543的A和C等位基因频率分别为0.151和0.849,rs6924102的C和T等位基因频率分别为0.416和0.584。病例组中频率为：rs17587的A和G等位基因频率分别为0.258和0.742,rs2071477的C和T等位基因频率分别为0.440和0.560,rs2071476的A和G等位基因频率分别为0.545和0.455;rs2071542的C和T等位基因频率分别为0.103和0.897,rs2071543的A和C等位基因频率分别为0.147和0.853,rs6924102的C和T等位基因频率分别为0.456和0.544。(3)构建了LMP2基因SNP位点rs17587,rs2071477,rs2071476的单倍型：ACG与GTA,对照组中频率分别为0.204和0.610;病例组中频率分别为0.255和0.543。构建了LMP7基因SNP rs2071542,rs2071543,rs6924102的单倍型：CCT与TCT,对照组的频率分别为0.066和0.511;病例组的频率分别为0.097和0.437。(4)病例对照关联研究表明：对照组与HCV感染组中LMP基因位点re2071476和6924102的基因型频率差异有统计学意义(P值分别为0.031和0.010,OR值分别为0.733和1.180)。rs2071476和re2071542等位基因频率差异有统计学意义(P值分别为0.010和0.022,OR值分别为0.733和1.625)。单倍型ACG和GTA在两组人群中差异具有统计学意义(P0.05),表明具有单倍型ACG的个体较之不含该单倍型的个体对于HCV感染能够增加其患病风险(OR=1.347,95%CI：1.020～1.779);具有单倍型GTA的个体较之不含该单倍型的个体对于HCV感染能够降低其患病风险(OR=0.760,95%CI0.598～0.965)。单倍型CCT和TCT在两组人群中差异具有统计学意义,P值分别为0.047和0.020,表明具有单倍型CCT的个体较之不含该单倍型的个体对于HCV感染能够增加其患病风险(OR=1.537,95%CI：1.004～2.353);具有单倍型TCT的个体较之不含该单倍型的个体对于HCV感染能够降低其患病风险(OR=0.755,95%CI：0.596-0.957)。(5)HLA-G基因14bp插入/缺失等位基因频率在对照组中为0.335和0.665;在HCV感染组中为0.348和0.652。无论是基因型频率,还是等位基因频率在HCV感染组和对照组中差异均无统计学意义。 结论：LMP2/LMP7基因的多态性与HCV感染有显著的易感关联。而HLA-G基因14bp插入/缺失多态性与HCV感染未见易感关联。