一簇海洋放线菌的MLSA分析及其DNA降解现象的研究

作     者：谢庶洁 

作者单位：厦门大学 

学位级别：硕士

导师姓名：徐洵;徐俊

授予年度：2009年

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 07[理学] 071005[理学-微生物学] 10[医学] 

主      题：海洋放线菌 MLSA分析 DNA降解现象 

摘      要：深海微生物由于长期生活在低温、高压、黑暗等极端环境中,形成了极为独特的基因形式和代谢机制,对深海微生物的研究是现代海洋微生物的重要组成部分。就极端环境而言,放线菌生长慢、分离困难,发现的物种少,对它们的分类学、生理学、遗传学、生态学、适应机制的研究都不多,因此,寻找具有海洋特性的深海本土放线菌并对其基因及代谢机制进行研究具有重要的意义。 本课题组从14个深海沉积物样品中共分离得到22株16S rDNA高度同源的链霉菌菌株,其盐依赖性生长和细胞脂肪酸组分特征暗示其为海洋放线菌。本文使用16S rDNA、多基因位点序列分析(MLSA分析)和BOX-PCR指纹图谱对该群放线菌进行了精细的聚类分析,将其分为三簇,对这三簇菌株的培养特征和抗菌活性等进行了研究,并从中找到一株潜在的新种。 DNA硫修饰是在变铅青链霉菌中首次发现的一种DNA骨架上的生理修饰,硫修饰的DNA在普通电泳或高压脉冲电泳过程中容易降解(Dnd表型)。大量的海洋环境DNA序列分析结果显示硫修饰可能在海洋微生物中有广泛的分布。本文对自主分离的86株深海放线菌和157株红树林放线菌进行筛选,共获得17株具有dnd基因和存在Dnd降解现象表型的菌株,分属于链霉菌属的9个种和拟诺卡氏属的1个种。 根据dndC基因的序列相似性,克隆了禾粟链霉菌、厦门链霉菌、南极洲拟诺卡氏菌三株菌株的dnd基因簇。对获得的基因簇和其编码的蛋白序列进行了分析,结果表明与已知dnd基因簇同源性分别84%、97%、75%,并对其蛋白的保守区域进行了推测。 本文通过系统分类学技术对前期研究获得的海洋链霉菌菌种资源开展了精细研究,从中挖掘新菌种。同时,从海洋放线菌中克隆了多个新型dnd基因簇,为研究海洋微生物DNA硫修饰现象打下了良好的基础。