牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化变异体的克隆及3'UTR多态性分析

作     者：宋雨霏 

作者单位：聊城大学 

学位级别：硕士

导师姓名：周国利;金海国

授予年度：2017年

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 0905[农学-畜牧学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

主      题：选择性多聚腺苷酸化 BBOX1基因 多态性 肉质 牛 

摘      要：牛BBOX1基因定位在牛的15号染色体上,牛15号染色上存在与肉质和胴体性状相关的QTL。本研究通过3’RACE的方法克隆了牛BBOX1基因的选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)的变异体;采用RT-PCR的方法分析了BBOX1基因在牛不同组织中的表达谱;利用PCR-SSCP、PCR-RFLP和测序的方法检测了BBOX1基因3’UTR在研究群体中的多态性,并分析了检测到的基因多态性与牛肉质和胴体性状的相关性。主要研究结果如下:(1)发现了牛BBOX1基因的三个不同的APA变异体,它们的3’UTR长度分别为229bp,664bp和678bp,它们的GenBank登录号分别为:KX431577,KX431578和KX431579。(2)用半定量RT-PCR的方法分析了牛BBOX1基因在不同组织中的表达情况,结果显示BBOX1基因在所选择的组织中都是表达的,其中瘤胃、肝脏和肾脏中的相对表达量较高。(3)在草原红牛群体中,采用PCR-SSCP和测序的方法对BBOX1基因3’UTR进了多态性检测。共检测到4个多态性座位,其中3个为单核苷酸多态性,1个为插入或缺失突变。而且SNP c.650TC定位在远端poly(A)加尾信号中,使加尾信号序列“AAUAAA突变成“AACAAA。在草原红牛群体中,通过PCR-RFLP的方法对4个多态性座位进行基因分型。统计分析了各个多态性座位在群体中的基因频率、基因型频率、多态信息含量、有效等位基因数和期望杂合度等群体遗传学参数。(4)采用一般线性模型进行了BBOX1基因多态性与草原红牛肉质和胴体性状的关联分析。结果显示:多态性座位BBOX1-Bbv I(c.51213insTGC)对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响(PC)也只对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响(P0.01)。