c-GMP诱导对盐胁迫下番茄的转录组分析

作     者：朱晓林 魏小红 王宝强 王贤 张明君 ZHU Xiaolin;WEI Xiaohong;WANG Baoqiang;WANG Xian;ZHANG Mingjun

作者机构：甘肃农业大学生命科学技术学院甘肃兰州730070 甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室甘肃兰州730070 甘肃省干旱生境作物学重点实验室甘肃兰州730070 

出 版 物：《浙江农业学报》 (Acta Agriculturae Zhejiangensis)

年 卷 期：2020年第32卷第10期

页      面：1788-1797页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090202[农学-蔬菜学] 

基　　金：国家自然科学基金(31560663) 

主　　题：番茄 盐胁迫 c-GMP诱导 转录组分析 

摘      要：以市场常见的番茄为材料,采用Illumina高通量测序技术对NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下番茄幼苗进行转录组测序。结果表明:共获得83.35 Gb的原始数据,Q30碱基百分比在90.91%及以上,分别将各样品的原始读数与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从88.03%到92.74%不等。同时将得到的31734条序列注释到不同的数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG),通过GO数据库,将其划分到细胞组分、分子功能以及生物学过程三大注释类别下的51个亚功能组中,通过COG数据库与KEGG数据库将其分别注释到25个类别与128个代谢通路。在NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下共发现SNP位点127944个,其中仅有22.6%的SNP位点位于非编码区。差异基因结果显示,c-GMP能诱导盐胁迫下更多基因的表达。该转录组测序数据可靠,结果覆盖面广,为番茄c-GMP诱导盐胁迫下基因挖掘与功能研究提供了理论依据。