山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV/CH/GT/2015株全基因组cDNA文库的构建及生物信息学分析

作     者：林裕胜 江锦秀 张靖鹏 游伟 胡奇林 LIN Yu-sheng;JIANG Jin-xiu;ZHANG Jing-peng;YOU Wei;HU Qi-lin

作者机构：福建省农业科学院畜牧兽医研究所福建福州350013 

出 版 物：《中国兽医学报》 (Chinese Journal of Veterinary Science)

年 卷 期：2020年第40卷第9期

页      面：1707-1714页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家重点研发计划资助项目(2016YFD0500906) 福建省农业科学院青年创新团队资助项目(STIT2017-3-10) 福建省农业科学院重点创新团队资助项目(STIT2017-1-5) 福建省农业科学院科技创新资助项目(PC2018-6) 

主　　题：山羊 地方性鼻内肿瘤病毒 全基因克隆 生物信息学分析 

摘      要：为获得山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)古田株(暂命名为:ENTV/CH/GT/2015株)全基因组序列。通过PCR方法从山羊鼻内肿瘤组织中分段扩增获得ENTV-2全基因组7个片段,目的片段经胶回收后分别连接至pMD19-T载体上,并转化至基因工程菌DH5a,提取阳性质粒进行测序,利用生物学软件对获得的序列进行拼接分析。获得ENTV/CH/GT/2015株全基因组序列长度为7506 bp,包含相互重叠的gag-pro-pol-env编码区及5′端非编码区,并上传至GenBank上获得登录号为MK210250.1;与国外NC004994.2株和AY197548.2株核苷酸同源性均为87.5%,与国内ENTV-2CHN8株核苷酸同源性为97.7%。氨基酸序列分析结果显示,gag蛋白在124~126 aa插入GVE 3个氨基酸和229~232 aa插入APPP 4个氨基酸,env蛋白在590~593 aa处存在AESL 4个氨基酸的缺失;gag和env蛋白抗原表位分析结果显示,尽管存在氨基酸的突变和缺失,但抗原表位并没有明显差异。糖基化位点预测结果显示:gag、pro、pol和env蛋白分别含有1,1,4,6个糖基化位点,均可能不包含信号肽。遗传进化树分析结果推测,该毒株是国内ENTV-2CHN2株和ENTV-2CHN10株变异毒株。本研究获得ENTV/CH/GT/2015株全基因序列并明确其生物学特性,不仅丰富了ENTV-2全基因序列库,还为今后研究ENTV-2快速检测方法及致病机理提供了研究素材。