钱塘江三角鲂线粒体基因组测序及其结构特征分析

作     者：刘凯 冯晓宇 马恒甲 谢楠 LIU Kai;FENG Xiaoyu;MA Hengjia;XIE Nan

作者机构：杭州市农业科学研究院水产研究所浙江杭州310024 

出 版 物：《浙江农业学报》 (Acta Agriculturae Zhejiangensis)

年 卷 期：2020年第32卷第9期

页      面：1591-1608页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家大宗淡水鱼产业技术体系杭州综合试验站项目(CARS-45-39) 杭州市农业科研主动设计项目(20162012A03) 杭州市农科院创新基金(2019HNCT-01)。 

主　　题：三角鲂 线粒体基因组 序列分析 系统进化树 

摘      要：为了研究钱塘江流域三角鲂(Megalobrama terminalis Richardson)线粒体基因组结构特征及鲌亚科鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增、测序、软件拼接获得了钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列,GenBank登录号为MN725725。结果表明,钱塘江三角鲂线粒体基因组序列全长为16 621 bp,碱基组成分别为A(31.23%)、G(16.17%)、C(27.87%)和T(24.73%);共有13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,NAD6、tRNA-Gln、tRNA-Ala、tRNA-Asn、tRNA-Cys、tRNA-Tyr、tRNA-Ser(UCN)、tRNA-Glu和tRNA-Pro等基因编码在L链上,其余基因均在H链上编码。钱塘江三角鲂线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为55.97%和55.86%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于线粒体控制区中终止结合序列区的前端和控制区3′的末端。在22个tRNA基因中,除了tRNA-Ser(AGY)外,均具有典型的三叶草二级结构。基于BLAST比较,钱塘江三角鲂与黑龙江流域的三角鲂一致性为99.76%,与珠江流域三角鲂一致性为99.87%。基于15种隶属于7属的鲌亚科鱼类线粒体基因组全序列构建的系统进化树,鲂属与鳊属亲缘关系比与鲌属的亲缘关系上较近,与■属、半■属和细鳊属亲缘关系上较远。