安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

作     者：栗薇薇 孙永 袁媛 俞俊岭 陈晴晴 葛盈露 张竹慧 何军 LI Weiwei;SUN Yong;YUAN Yuan;YU Junling;CHEN Qingqing;GE Yinglu;ZHANG Zhuhui;HE Jun

作者机构：安徽省疾病预防控制中心合肥230601 

出 版 物：《病毒学报》 (Chinese Journal of Virology)

年 卷 期：2020年第36卷第5期

页      面：751-757页

核心收录：

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：安徽省新型冠状病毒肺炎疫情应急科研攻关(项目号:202004a07020004),题目:新型冠状病毒基因分子变异与进化研究 安徽省新型冠状病毒肺炎疫情应急科研攻关(项目号:202004a07020002),题目:新冠病毒肺炎流行病学及临床特征研究。 

主　　题：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 全基因组序列 Vero细胞 

摘      要：新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息。