葡萄LIM家族基因特征及表达模式分析

作     者：毛娟 卢世雄 王萍 马宗桓 刘涛 何红红 乃国洁 张志强 陈佰鸿 MAO Juan;LU Shixiong;WANG Ping;MA Zonghuan;LIU Tao;HE Honghong;NAI Guojie;ZHANG Zhiqiang;CHEN Baihong

作者机构：甘肃农业大学园艺学院兰州730070 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2020年第47卷第7期

页      面：1277-1288页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：甘肃农业大学青年导师基金项目(GAU-QDFC-2019-05) 甘肃省陇原创新团队项目(LQ20180918-1) 甘肃省葡萄酒产业发展专项 甘肃省科技重大专项(18ZD2NA006) 

主　　题：葡萄 LIM基因家族 生物信息学分析 qRT-PCR 非生物胁迫 

摘      要：为了明确LIM家族基因在葡萄非生物胁迫下的表达特性,在生物信息分析的基础上,以‘黑比诺’葡萄(Vitis vinifera‘Pinot Noir’)试管苗为试验材料,利用q RT-PCR技术检测了不同逆境处理对葡萄LIM家族基因成员表达的影响。结果显示,葡萄LIM基因家族有14个成员,可分为4个亚族,各亚族编码蛋白氨基酸数量差异较大,但亚族内差异较小;分析葡萄基因和拟南芥基因间的选择压发现,二者存在钝化选择关系;多序列比对发现,该家族基因成员含有1或2个锌指结构的保守结构域;保守基序分析结果表明,所有基因均包含motif2;基因结构显示Vv LIM含有4~15个外显子;14个基因中有11个编码蛋白存在互作关系。该家族基因存在大量的光诱导元件和水杨酸等逆境胁迫相关元件。基因芯片表达数据表明,高表达的基因主要存在生长旺盛的组织中。q RT-PCR分析发现,Vv LIM1在100 mmol·L-1NaCl、10%PEG和50 mg·L-1 SA胁迫下表达量与对照相比显著上调,且随处理时间的延长表达量显著增加。