甘薯近缘种Ipomoea cordatotriloba基因组大小测定及高通量调查测序

作     者：王珧 邓逸桐 戴习彬 张安 曹清河 陈艳丽 WANG Yao;DENG Yitong;DAI Xibin;ZHANG An;CAO Qinghe;CHEN Yanli

作者机构：海南大学园艺学院海南海口570228 江苏徐淮地区徐州农业科学研究所江苏徐州221131 

出 版 物：《热带作物学报》 (Chinese Journal of Tropical Crops)

年 卷 期：2020年第41卷第6期

页      面：1154-1159页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(No.2018YFD1000705,No.2018YFD1000701-5) 国家自然科学基金项目(No.31461143017) 江苏省农业种质资源保护与利用平台项目(No.JSGB2018-03) 

主　　题：甘薯 Ipomoea cordatotriloba 基因组大小 流式细胞法 K-mer计算 

摘      要：利用流式细胞术,以大豆Williams 82为内参,对甘薯近缘野生种Ipomoea cordatotriloba进行基因组大小测定,结合染色体压片技术进行倍性鉴定,并利用二代高通量测序技术对测定结果进行验证。结果表明:利用流式细胞术测得I. cordatotriloba基因组大小为(539.69±13.76)Mb;染色体压片结果显示其染色体数目为30条,由于其基数x=15,从而获知I. cordatotriloba为二倍体;经K-mer计算并修正后得出的C值为560.70 Mb,与流式细胞分析结果相近;同时,测序结果显示其基因组杂合率为0.40%;重复序列比率为57.93%;GC含量为38.10%。以上结果为此物种全基因组精细图谱绘制打下基础,同时为甘薯近缘野生种的利用提供参考。