东南亚十二节段双链RNA病毒的分子进化及基因组结构特征分析

作     者：张珺 赵秋霞 王家辉 夏菡 王纪衡 张建明 庄莹 刘红 丁忠峰 Zhang Jun;Zhao Qiuxia;Wang Jiahui;Xia Han;Wang Jiheng;Zhang Jianming;Zhuang Ying;Liu Hong;Ding Zhongfeng

作者机构：山东理工大学生命科学学院淄博255000 运城市中心医院儿科044000 中科院武汉病毒所430071 

出 版 物：《中华实验和临床病毒学杂志》 (Chinese Journal of Experimental and Clinical Virology)

年 卷 期：2020年第34卷第3期

页      面：256-263页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金(81301479) 传染病预防控制国家重点实验室自主研究开放课题(2018SKLID309) 湖北省健康委员会科研项目(WJ2019Q060) 

主　　题：东南亚十二节段病毒属 版纳病毒 辽宁病毒 Kadipiro病毒 

摘      要：目的了解东南亚十二节段双链RNA病毒(South-East Asian dodeca RNA viruses,Seadornavirus)的分子进化规律及遗传差异。方法基于Seadornavirus衣壳蛋白基因组序列进行同源性、系统进化、理化性质、抗原表位预测以及三级结构和表面电荷分布的分析。结果Seadornavirus的最近共同祖先大约于2359年前,分为3个进化簇,其进化时间分别为约距今1338、499、253年前,其平均核苷酸替换率为3.6×10-4n/s/y。Seadornavirus 3种病毒之间的核苷酸与氨基酸同源性分别是31.3%~100%(μ=68.0%)和11.9%~100%(μ=56.0%)。理化性质和抗原表位分析显示,版纳病毒(Banna virus,BAV)衣壳蛋白为酸性疏水性蛋白质,存在6个B细胞表位和2个Th抗原表位,而辽宁病毒(Liaoning virus,LNV)和卡迪皮诺病毒(Kadipiro virus,KDV)为碱性亲水性蛋白质,分别存在3和5个B细胞抗原表位,其中LNV仅有1个Th抗原表位,KDV病毒则不存在。三级结构以及蛋白表面电荷分析显示,Seadornavirus的α螺旋和β折叠各不相同,并且BAV有2个明显的带正电荷区域和2个带负电荷的区域,LNV只有1个带正电荷区域,KDV则有2个带正电荷区域。结论Seadornavirus进化速率快,并且其基因组、衣壳蛋白抗原表位、理化性质、三级结构等具有较大的差异。