植物EST-SSR标记开发及其应用

作     者：张利达 唐克轩 Zhang Lida;Tang Kexuan

作者机构：上海交通大学农业与生物学院植物生物技术研发中心上海200030 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2010年第29卷第3期

页      面：534-541页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：上海市科委基础重大项目(09DJ1400504) 上海交通大学晨星青年学者奖励计划(0809)共同资助 

主　　题：表达序列标签(ESTs) 简单重复序列(SSRs) EST-SSRs 

摘      要：随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。