青海省6种裂腹鱼COI基因作为DNA条形码的适用性初探

作     者：王婷 郭松长 王秀蓉 李威霖 钟江斌 马建滨 都玉蓉 Wang Ting;Guo Songchang;Wang Xiurong;LiWeilin;Zhong Jiangbin;Ma Jianbin;Du Yurong

作者机构：青海师范大学生命科学学院青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室青海省青藏高原药用动物植物资源重点实验室西宁810008 湖南农业大学动物科学技术学院长沙410128 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2020年第39卷第3期

页      面：1067-1073页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：青海省科技厅自然科学基金(项目编号:2016-ZJ-956)资助 

主　　题：裂腹鱼 COI基因 DNA条形码技术 

摘      要：青海省裂腹鱼鱼类至少有20种,占土著鱼类的40%以上,具有重要的生态价值。由于生态环境的恶化和人为因素的干扰,很多物种群已濒临灭绝。快速和准确的物种鉴定对于这些物种的保护至关重要,而基于形态学的传统分类法很难满足这一需求。因此,本研究通过DNA条形码技术初步探讨了在青海省裂腹鱼物种鉴定中的适用性。本研究中,测序获得了青海26尾裂腹鱼(6个物种)的细胞色素c氧化酶亚基I (COI)基因,并经GenBank数据库进行比对;基于K2P模型分析COI序列变异;运用贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建系统发育树。结果显示,6种裂腹鱼COI序列检测得到15个单倍型,且各物种间无共享的单倍型。基于K2P模型,最大种内遗传距离和最小种间遗传距离分别为(0.621±0.297)%和(2.792±0.644)%。种间平均遗传距离为(12.205±1.307)%,约为种内平均遗传距离((0.327±0.162)%)的37倍,表明各物种的COI序列间已经形成明显条形码间隙。AMOVA分析显示,遗传变异主要来自种间,约占97.05%;FST=0.970 54,p0.01,说明各物种间分化程度极高。此外,基于BI和ML方法构建的系统树具有一致的拓扑结构,分辨率较高;各物种均单独聚为一个发育枝,拓扑结构合理。以上结果表明,COI基因作为DNA条形码在青海裂腹鱼物种鉴定中具有较高的适用性。