陆地棉耐盐相关SNP筛选和鉴定

作     者：王晓歌 舒娜 王俊娟 陆许可 陈修贵 王德龙 王帅 郭丽雪 陈超 叶武威 Wang Xiaoge;Shu Na;Wang Junjuan;Lu Xuke;Chen Xiugui;Wang Delong;Wang Shuai;Guo Lixue;Chen Chao;Ye Wuwei

作者机构：中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室农业部棉花遗传改良重点开放实验室安阳455000 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第4期

页      面：1202-1210页

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家重点研发计划试点专项(2016YFD0101401)资助 

主　　题：陆地棉(Gossypium hirsutum) 耐盐 70KSNP芯片 

摘      要：盐胁迫是限制作物产量提高的一个主要非生物因素。棉花是盐碱地的先锋作物,研究棉花的耐盐性,筛选耐盐相关分子标记,对充分利用棉花的耐盐性及棉花耐盐种质鉴定有重要意义。在本研究中,我们对前期筛选到的1281个耐盐相关候选SNP即SNPr(SNP related to salt tolerance)进行分析,利用BEDTools软件获得位于基因上的SNPr,并使用AgriGO(http://***/agriGO/)和KAAS(http://***/tools/kaas/)网站对这些基因进行GO和KEGG分析。借助perl编程,获得非同义SNPr。分析发现,1281个SNPr中,有353个位于基因上,其中247个位于基因外显子区,且有174个是非同义SNPr。从中选择12个非同义SNPr,使用CAPS/dCAPS引物进行验证,并结合田间耐盐鉴定的结果,最终得到1个与耐盐相关的SNPr。这个SNPr位于CHD3/CHD4家族基因上,可能与盐胁迫过程中的表观修饰有关。