达氏鲟自噬基因MAP1LC3B克隆及其组织表达分析

作     者：胡伟 许巧情 郭慧芝 李由申 韩盼盼 袁汉文 张书环 陈敦学 HUWei;XU Qiao-qing;GUO Hui-zhi;LI You-shen;HAN Pan-pan;YUAN Han-wen;ZHANG Shu-huan;CHEN Dun-xue

作者机构：中国水产科学研究院长江水产研究所/农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室武汉430223 长江大学动物科学学院湖北荆州434020 贵州大学动物科学学院贵阳550025 

出 版 物：《南方农业学报》 (Journal of Southern Agriculture)

年 卷 期：2020年第51卷第2期

页      面：445-452页

学科分类：090801[农学-水产养殖] 0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31460689) 农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室开放项目(LFBC0905) 贵州省科技联合基金项目(黔科合LH字〔2016〕7455号) 

主　　题：达氏鲟 自噬 微管相关蛋白1A/1B轻链3B(MAP1LC3B) GABARAP泛素结构域 抗病机制 

摘      要：【目的】掌握达氏鲟微管相关蛋白1A/1B轻链3B基因(MAP1LC3B)的表达模式,为后续研究MAP1LC3B基因功能及揭示达氏鲟的抗病分子机制提供理论依据。【方法】采用RACE技术从达氏鲟组织中克隆MAP1LC3B基因,通过ProtParam、TMpred、Phyre2及Singal 4.1等在线软件进行生物信息学分析,同时借助实时荧光定量PCR检测MAP1LC3B基因在达氏鲟不同组织中的表达情况。【结果】达氏鲟MAP1LC3B基因cDNA序列全长2208 bp,包含378bp的开放阅读框(ORF)、202 bp的5’端非编码区(5’-UTR)和1628 bp的3’端非编码区(3’-UTR),编码125个氨基酸。MAP1LC3B氨基酸序列含有GABARAP泛素结构域、Agt7结合位点、脂化位点和维管束蛋白结合位点。达氏鲟MAP1LC3B蛋白由18种氨基酸组成,其中谷氨酸(Glu)含量最高(占9.6%)、丙氨酸(Ala)含量最低(占1.6%);蛋白分子量为14743.01 Da,理论等电点(pI)为8.92,不稳定系数为65.12,总平均亲水性为-0.484,是一种不稳定的疏水性蛋白,且不存在跨膜结构,也无信号肽序列。MAP1LC3B基因在达氏鲟鳃、脑、皮肤、头肾、前肾、脾脏、中肾、心脏和肠道等组织中均有表达,以在鳃和肠道组织中的相对表达量较高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P0.05)。【结论】达氏鲟MAP1LC3B基因具有较高的保守性,在鳃和肠道黏膜免疫组织中高表达,表明自噬参与达氏鲟黏膜免疫过程,调节机体免疫反应。