基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA

作     者：吴娜 毛祥坤 万治平 李瀚旻 WU NA;MAO Xiangkun;WAN Zhiping;LI Hanmin

作者机构：江西中医药大学附属医院江西南昌330006 南昌市洪都中医院江西南昌330006 湖北省中医院湖北中医药大学附属医院湖北省中医药研究院湖北武汉430061 

出 版 物：《中华中医药学刊》 (Chinese Archives of Traditional Chinese Medicine)

年 卷 期：2019年第37卷第12期

页      面：2874-2879,I0035,I0036页

学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(81973669,81373513) 国家中医临床研究基地(湖北)重点病种研究项目(JDZX2015172) 李瀚旻名老中医传承工作室项目(鄂卫生计生办通32号) 

主　　题：肝癌 生信分析 DEGs DEMs 信号通路 

摘      要：目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。