塔里木马鹿维生素D受体（VDR）基因结构和功能的预测与分析

作     者：塔依尔江·麦麦提 苏比奴尔·艾力 布威海丽且姆·阿巴拜科日 佐日古丽·伊斯马伊力 阿迪力·艾合麦提 伊拉木江·托合塔洪 马合木提·哈力克 Tayerjan Mamat;Subinur Eli;Buweihailiqiemu Ababaikeri;Zorigul Ismayil;Adil Ahmat;Yilamujiang Tuohetahong;Mahmut Halik

作者机构：新疆大学生命科学与技术学院乌鲁木齐830046 新疆维吾尔医学专科学校和田848000 

出 版 物：《动物学杂志》 (Chinese Journal of Zoology)

年 卷 期：2019年第54卷第5期

页      面：693-700页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家自然科学基金项目(No.31560600) 

主　　题：塔里木马鹿 VDR基因 实时荧光定量PCR 生物信息学分析 

摘      要：为了分析塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)维生素D受体(VDR)基因的结构和相关功能,本研究从前期研究获得的塔里木马鹿和天山马鹿(C. e. songaricus)皮肤组织转录组测序结果中,获得上调表达的塔里木马鹿VDR基因的序列,对塔里木马鹿VDR基因进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证,利用相关软件进行同源性比对、系统进化树构建和生物信息学分析。实时荧光定量PCR结果显示,VDR基因在转录组测序的结果与qPCR的结果中表达趋势一致,均为上调。基于VDR基因同源性比对结果显示,塔里木马鹿与白尾鹿(Odocoileus virginianus,GenBank登录号XM_020889235.1)的遗传距离较近,同源性最高;与褐家鼠(Rattus norvegicus,GenBank登录号NM_017058.1)的遗传距离较远,同源性最低。系统进化树也证实了这个结果。生物信息学分析结果表明,塔里木马鹿VDR蛋白由20种氨基酸组成,分子质量为32.92 ku,理论等电点为5.73,不稳定系数为33.56,总平均亲水性为﹣0.298,脂溶系数94.95,无跨膜区,无信号肽,无O-糖基化位点,有1个N-糖基化位点,有15个磷酸化位点,最有可能位于内质网膜中,二级结构和三级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,有3个低复杂度区域,无保守结构区域。