基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定

作     者：洪文娟 郝兆祥 刘康佳 罗华 毕润霞 苑兆和 宗世祥 王君 Hong Wenjuan;Hao Zhaoxiang;Liu Kangjia;Luo Hua;Bi Runxia;Yuan Zhaohe;Zong Shixiang;Wang Jun

作者机构：北京林业大学林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室北京100083 北京林业大学林学院北京100083 枣庄市石榴研究中心山东枣庄277300 南京林业大学林学院江苏南京210037 北京林业大学生物科学与技术学院北京100083 

出 版 物：《北京林业大学学报》 (Journal of Beijing Forestry University)

年 卷 期：2019年第41卷第8期

页      面：38-47页

核心收录：

学科分类：0830[工学-环境科学与工程（可授工学、理学、农学学位）] 0907[农学-林学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 0901[农学-作物学] 0902[农学-园艺学] 090201[农学-果树学] 

基　　金：国家林业局业务委托项目(20180001) 北京林业大学一流学科建设项目(2019XKJS0308) 北京市教育委员会林果业生态环境功能提升协同创新中心建设项目(PXM2018_014207_000024) 

主　　题：石榴 基因组 SSR 标记开发 多态性 

摘      要：【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10~252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007~0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。