香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析

作     者：肖文超 范会云 白亭亭 王婉 李华平 XIAO Wen-chao;FAN Hui-yun;BAI Ting-ting;WANG Wan;LI Hua-ping

作者机构：亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室广州510642 华南农业大学资源环境学院广州510642 广东省微生物信号与作物病害防控重点实验室广州510642 

出 版 物：《果树学报》 (Journal of Fruit Science)

年 卷 期：2014年第31卷第6期

页      面：1057-1064页

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：现代农业产业技术体系建设专项(编号:CAR-32-05) 

主　　题：香蕉细菌性软腐病菌 信号肽 分泌蛋白 

摘      要：【目的】利用香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3全基因组测序结果对其信号肽进行预测和分析,为深入研究其分泌蛋白、明确香蕉与病原微生物互作的分子机制奠定基础。【方法】应用Signal Pv4.1、TMHMMv2.0、THUMBUP、Target P1.1、Lipo P1.0、Tat P1.0、big-PI predictor 7个软件对香蕉细菌性软腐病菌基因组中4 313个ORFs进行预测分析,并通过swisspot数据库预测信号肽所在ORFs的功能。【结果】香蕉细菌性软腐病菌中存在具有信号肽的ORFs 218个,占其基因组编码ORFs的5.05%,其中有184个ORFs属于Ⅰ型信号肽,32个ORFs属于Ⅱ型信号肽,2个ORF为CYT型,未发现Prepilin-like型信号肽的存在。在所有分泌蛋白中,有122个具有可预测的功能,其余96个为功能未知的推定蛋白。【结论】解析了香蕉细菌性软腐病菌基因组ORFs中的信号肽及分泌蛋白的可能功能,发现存在很多果胶酶、蛋白酶、纤维素酶等致病因子和一系列其他可能的致病因子,这为后续致病机理的研究提供了众多候选基因。