白皮松EST-SSR序列分布特征及引物开发

作     者：李昕蔓 金卓颖 苏安然 杨林夕 苏晟 王磊 张军 LI Xinman;JIN Zhuoying;SU Anran;YANG Linxi;SU Sheng;WANG Lei;ZHANG Jun

作者机构：河北农业大学林学院 

出 版 物：《林业与生态科学》 (Forestry and Ecological Sciences)

年 卷 期：2019年第34卷第3期

页      面：266-272页

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：河北农业大学科研发展基金计划(JY2018006) 

主　　题：白皮松 转录组 EST-SSR 多态性 引物开发 

摘      要：为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10~27 bp的短序列(2 954,93.36%)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4~30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93%);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508, 46.14%),其次为AT/CA(280,8.57%)和TA/TC(245,7.50%);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST-SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67%,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14%,多态性信息含量 PIC分别为0.375、 0.305 。为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性。该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考。