可可西里土壤样品中细菌多样性的分析

作     者：苏进进 张玉琴 孙莹 靳蓉 赵莉莉 王宇 陈杰 苏静 余利岩 SU Jin-Jin;ZHANG Yu-Qin;SUN Ying;JIN Rong;ZHAO Li-Li;WANG Yu;CHEN Jie;SU Jing;YU Li-Yan;QIU Bing-Sheng;JIN Cheng

作者机构：中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所北京100050 

出 版 物：《微生物学通报》 (Microbiology China)

年 卷 期：2011年第38卷第7期

页      面：1132-1139页

核心收录：

学科分类：07[理学] 0713[理学-生态学] 

基　　金：国家自然科学基金(No.30870026) "重大新药创制"科技重大专项(No.2009ZX09301-003 2009ZX09302-004) 

主　　题：可可西里 纯培养 免培养 ARDRA 16SrRNA基因文库 DGGE 

摘      要：采用纯培养和免培养相结合的方法对来源于可可西里的一份土壤样品中的细菌多样性进行了初步研究。纯培养实验使用了6种分离培养基,共得到细菌19株,其中放线菌7株,非放线菌细菌12株。这些菌株分别属于叶杆菌属(Phyllobacterium)、贪食菌属(Variovorax)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链霉菌属(Streptomyces)、小月菌属(Microlunatus)、原小单胞菌属(Promicromonospora)、韩国生工菌属(Kribbella)和芽孢杆菌属(Bacillus)8个属。免培养分析采用基于通用引物PCR扩增的细菌16S rRNA基因文库的方法以及变性梯度凝胶电泳(DGGE)。16S rRNA基因文库分析结果表明,该土壤样品细菌群落可划分为19个OTUs,分属于5个不同纲,优势顺序为β-Proteobacteria(75%),α-Proteobacteria(9%),γ-Proteobacteria(7%),Actinobacteria(7%),Firmicutes(2%)。变性梯度凝胶电泳分析表明,该样品细菌多样性指数Shannon-wiener index为2.68,表明其中微生物多样性较低,这可能和其所处的极端环境有一定关系。比较纯培养和免培养的实验结果发现,土壤中的一些优势细菌并没有被有效地分离,需要在针对特定微生物设计特定培养基及培养条件进行选择性分离上做更多的探索研究。