基于Hi-c数据的酵母染色体三维结构重构
Three-dimensional structure reconstruction of yeast chromosome based on Hi-c data作者机构：云南民族大学电气信息工程学院
出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)
年 卷 期：2019年第17卷第3期
页 面：182-188页
学科分类：090502[农学-动物营养与饲料科学] 0905[农学-畜牧学] 09[农学]
摘 要：通过染色体交互频率数据(Hi-c)来预测染色体三维空间结构是近年表观遗传研究热点。研究表明染色体三维空间结构在生物基因表达、调控等方面起到重要作用,对其进行三维重构是研究细胞代谢过程的基本途径。针对酵母Hi-c数据在不同染色体所呈现出的统计特征,拟合出每条染色体交互频率数据分布的数学模型,然后利用梯度上升迭代算法预测并重构其三维结构,并给出模型评估指标。实验结果表明,模型具有较高可重复性和预测精确度。
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