大理地区流行3a丙型肝炎病毒E基因序列分析

作     者：王佳丽 马顺高 张米 王静林 柳爱华 宝福凯 WANG Jia-li;MA Shun-gao;ZHANG Mi;WANG Jing-lin;LIU Ai-hua;BAO Fu-kai

作者机构：云南省传染病医院检验科云南昆明650301 大理州人民医院检验科 云南省畜牧兽医科学院重点实验室 昆明医科大学病热带医学研究所 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2019年第14卷第5期

页      面：539-544页

核心收录：

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

主　　题：丙型肝炎病毒 基因分型 T细胞抗原表位 大理 

摘      要：目的了解云南省大理地区主要流行基因型3a丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)E基因分子特征和遗传进化特点。方法2014年1-5月,在大理州人民医院采集临床诊断为丙型肝炎患者血清,提取病毒RNA,采用3a HCV E基因特异引物进行RT-PCR扩增并测序,采用Clustal X2.1、DNASTAR、Mega 7.1、NetNGlyc 1.0和SYFPEITHI 1.0等生物信息学软件进行序列分析。结果共收集到丙型肝炎患者血清48份,其中4份(标本号为3、4、9、12)3a HCV E基因扩增阳性,测序后分别获得4株病毒1327 nt序列。遗传进化分析显示4株HCV病毒与国内、外流行3a型HCV位于同一进化分支内,核苷酸和氨基酸同源性分别为83.2%~91.5%和82.4%~92.3%,与基因3型其它基因亚型HCV同源性分别为69.6%~73.1%和73.6%~77.7%,与其它基因型HCV病毒同源性均低于66%和70.3%。4、9、12号病毒E基因均存在10个潜在糖基化位点,3号病毒缺少1个224位潜在糖基化位点,其余9个糖基化位点位置与另3株病毒均相同;与其它病毒相比,4株病毒仅有5个T细胞抗原表位预测分值发生变化,其余抗原表位预测分值变化不大。结论大理地区主要流行基因型是HCV3a,其致病性、免疫特性等生物学特征未发生明显改变。