基于转录组测序的温带臭虫SSR和SNP位点分析

作     者：李敏 王青 陈晨 付艺杰 石太瑞 Li Min;Wang Qing;Chen Chen;Fu Yijie;Shi Tairui

作者机构：太原师范学院生物系山西晋中030619 山西农业大学农学院山西太谷030801 

出 版 物：《山西农业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Shanxi Agricultural University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2019年第39卷第4期

页      面：52-57页

学科分类：07[理学] 0713[理学-生态学] 

基　　金：国家自然科学基金(31501840) 山西农业大学博士后科学基金(134845) 山西省高等学校科技创新项目(2017169) 国家级大学生创新创业项目(2017361) 

主　　题：温带臭虫 转录组 微卫星 单核苷酸多态性 

摘      要：[目的]温带臭虫( Cimex lectularius )是世界性分布的吸血性寄生虫,主要靠吸食人血为生。探究温带臭虫转录组SSR和SNP分布规律,可为后期温带臭虫的SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等研究奠定基础。[方法]以转录组数据为基础,利用软件msatcommander v0.8.2和SOAPsnp v1.03系统分析了SSR 和SNP 位点多态性和分布特征。[结果]温带臭虫转录组数据的25 468条unigene中含有4 758个SSR位点,分布在4 171 unigene序列中。其中单核苷酸重复的次数最多,共有2 795个,占总数的58.74%,其次是三核苷酸重复和二核苷酸重复分别是984个(20.68%)和764个(16.06%),四核苷酸重复有195个(4.10%),而五、六核苷酸重复最少,仅出现20次(0.42%)。在温带臭虫的SSR位点中,共出现30个重复基元,其中优势的重复基元类型是A/T,共有 2 757 个,其次是AT/AT,有474个,ATT/AAT有342个。在25 468个unigene中共发现76 562个simple SNPs,其中转换类型46 634个,占60.91%,颠换类型29 928个,占39.09%。碱基转换类型比例高于颠换类型。6种单碱基变异类型中,C-T发生频率最高,比例为30.69%,其次为A-G,比例为30.22%。[结论]温带臭虫转录组中SSR和SNP位点数量多,出现频率高,且类型丰富。