基于SLAF-seq技术的抗杨树叶锈病SNP位点开发

作     者：戴美丽 方乐成 尹佟明 李小平 DAI Meili;FANG Lecheng;YIN Tongming;LI Xiaoping

作者机构：南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南方现代林业协同创新中心江苏南京210037 

出 版 物：《南京林业大学学报（自然科学版）》 (Journal of Nanjing Forestry University：Natural Sciences Edition)

年 卷 期：2019年第43卷第2期

页      面：73-78页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 

基　　金：教育部"创新团队发展计划"(16400894) 

主　　题：美洲黑杨 落叶松-杨栅锈菌 连锁遗传图谱 SLAF标签 Kruskal-Wallis检验 

摘      要：【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2’与‘2-38’为亲本,通过控制授粉杂交获得80个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl sequencinq, SLAF-seq)简化基因组技术对所获F1代进行深度测序,以美洲黑杨第3代组装基因组为参照。通过序列比对筛选特异长度的DNA片段,构建SLAF-seq文库,获得特异性SNP位点。经美洲黑杨叶锈病的病原菌经形态学与分子工具鉴定,确定为落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)。通过叶盘法控制条件接种并对被锈菌侵染后的杨树抗性进行评估;应用Kruskal-Wallis方法对接种结果进行检验。【结果】通过接种,获得了孢子堆数量和大小等表型数据;基于SNP标记的连锁分析,一共有8 723个SNP连锁至遗传图谱上;共识别出19个连锁群,总遗传距离为3 610.67 cM;通过Kruskal-Wallis检验可得到37个紧密连锁位点(P0.005),标记分别位于I、IV、VI、XI、XV和XIX号连锁群上。【结论】利用SLAF-seq技术开发出了37个与杨树叶锈病抗病性状紧密关联的SNP分子标记,其中Marker42056位点连锁程度最高。