国境口岸致病微生物检测基因芯片探针设计新方法的研究

作     者：陆琳 刘国传 张惠媛 孙福军 陈广全 Lu Lin Liu Guochuan Zhang Huiyuan Sun Fujun Chen Guangquan(Beijing Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau,Beijing 100026,China)

作者机构：北京出入境检验检疫局北京100026 

出 版 物：《生物医学工程学杂志》 (Journal of Biomedical Engineering)

年 卷 期：2009年第26卷第3期

页      面：643-646,652页

核心收录：

学科分类：080903[工学-微电子学与固体电子学] 0831[工学-生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）] 0809[工学-电子科学与技术（可授工学、理学学位）] 08[工学] 0836[工学-生物工程] 

基　　金："十五"国家科技攻关计划项目"重大人兽共患病诊断平台"资助(2004BA519A44) 

主　　题：国境口岸 基因芯片 探针设计 遗传算法 粗糙集 

摘      要：SNP位点选择是是国境口岸致病微生物基因芯片检测探针设计的关键环节,目前主要依靠手工完成,严重影响着检测速度和检测质量。我们提出了一种基于遗传算法的SNP位点的自动选择方法,该方法运用粗糙集理论评估SNP位点组合的分类能力,综合与检测实验密切相关的设计指标,采用遗传算法进行优化搜索。实验结果表明,该方法具有很好的稳健性和较快的收敛速度,能够准确地寻找致病微生物的SNP位点组合,为大规模的检测基因芯片探针自动设计提供了快速可靠的途径,缩短了国境口岸致病微生物的检测时限,提高了检测结果的准确性。