杉木转录因子unigene中微卫星的分布

作     者：李魁鹏 陈代喜 黄开勇 陈晓明 戴俊 陈琴 Li Kuipeng;Chen Daixi;Huang Kaiyong;Chen Xiaoming;Dai Jun;Chen Qin

作者机构：广西林业科学研究院国家林业局中南速生材繁育实验室广西优良用材林资源培育重点实验室南宁530002 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2019年第38卷第3期

页      面：1199-1204页

核心收录：

学科分类：0907[农学-林学] 08[工学] 0829[工学-林业工程] 09[农学] 

基　　金：广西自然科学基金项目(2015GXNSFBA139107) 广西科技重大专项(桂科AA17204087-2) 桂林科字(2016)第36号) 广西林科院基本科研业务费(林科201608号) 广西优良用材林资源培育重点实验室自主课题(16-A-03-02)共同资助 

主　　题：杉木 转录因子 SSRs Unigene 卡方检验 

摘      要：本研究以杉木转录组序列信息为基础,分析转录因子unigene中微卫星(transcription factor unigenederived microsatellites, TFUMs)的分布特征。结果表明,3 155个杉木转录因子(transcription factor, TFs) unigene中,存在527个TFUMs,25种基元。其中三、四核苷酸基元的类型最多,分别有10种和7种。由三、二核苷酸基元组成的TFUMs数目最多,分别为386和92个。AG/CT、AGC/CTG基元在TFUMs中分布最广,分别占二、三核苷酸重复TFUMs总数的53%和22%。根据基元的重复次数,杉木TFUMs主要可分为2个区间,重复5～8次的TFUMs分为第一区间,重复9～12次的分为第二区间。杉木TFUMs主要分布在第一区间,随着重复次数的增加,TFUMs数量呈现下降趋势。本研究首次运用卡方检验分析EST-SSRs在TFs及其余unigene中的分布差异,发现EST-SSRs特别是三核苷酸重复的EST-SSRs在TFs unigene中极显著富集。该研究为杉木TFUMs标记的开发与利用建立了基础。