基于第三代测序技术进行世居藏族人群HBV全长准种特征研究

作     者：蔡林 郑钧丰 谭文婷 孙凤明 但芸婕 向小梅 邓国宏 CAI Lin;ZHENG Junfeng;TAN Wenting;SUN Fengming;DAN Yunjie;XIANG Xiaomei;DENG Guohong

作者机构：陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院医学遗传学教研室重庆400038 陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院感染科重庆400038 

出 版 物：《第三军医大学学报》 (Journal of Third Military Medical University)

年 卷 期：2019年第41卷第7期

页      面：637-645页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 07[理学] 100103[医学-病原生物学] 071007[理学-遗传学] 10[医学] 

基　　金：军队后勤科研十二五重点项目(BWS14J025) 国家自然科学基金重点项目(81330038) 陆军军医大学第一附属医院军事医学科技创新计划(SWH2017YBXM-05)~~ 

主　　题：肝炎病毒,乙型 高通量测序 三代 准种 藏族 

摘      要：目的利用第三代测序技术,探讨世居藏族人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)准种变异特点。方法 2016年5月至2017年7月陆军军医大学第一附属医院感染科在藏南地区进行HBV流行病学调查,采集到藏族HBsAg阳性样本24例,作为高原世居藏族组,同时在感染科门诊收集24例样本作为平原汉族对照组,提取HBV DNA并扩增病毒全长序列,构建全基因组测序文库,采用第三代测序平台PacBio RSⅡ进行测序;借助ClustalW、MEGA、SimPlot等生物信息工具进行序列准种特征分析。结果 29例样本最终成功扩增并测序,其中高原世居藏族组9例,每个样本平均获得65条准种序列;对照组20例,每个样本平均获得124条准种序列。经比对分析,高原世居藏族组发现7例(7/9,77.8%)C/D1型重组HBV,由D4亚型与C2亚型HBV在750 nt重组而成;1例C/D2型HBV,由D3亚型与C2亚型HBV在1 500 nt重组而成;1例为C2型。C/D型HBV preC/C区复杂度、非同义突变率高于平原汉族对照组。C/D型HBV核酸变异谱与对照组不同,C/D重组型HBV核酸突变以EnhⅡ、BCP、preS区变异为主;而对照组HBV序列除了有BCP、preS变异,还有preC、S、X基因区变异。结论世居藏族人HBV以C/D重组型为优势毒株,且以C/D1型占多数;世居藏族人C/D型HBV preC/C区准种复杂度、非同义突变率更高,而核酸变异集中在EnhⅡ、BCP、preS区。