印度华首线虫核糖体和线粒体基因序列多态性分析

作     者：周成艳 马君 刘伟 徐前明 朱兴全 ZHOU Cheng-yan;MA Jun;LIU Wei;XU Qian-ming;ZHU Xing-quan

作者机构：安徽农业大学动物科技学院合肥230036 中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃省动物寄生虫病重点实验室兰州730046 湖南农业大学动物医学院长沙410128 兽用蛋白质工程疫苗湖南省重点实验室长沙410128 

出 版 物：《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 (Chinese Journal of Parasitology and Parasitic Diseases)

年 卷 期：2019年第37卷第1期

页      面：81-86页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金青年项目(No.31702225) 中国农业科学院科技创新工程项目(No.CAAS-ASTIP-2016-LVRI-03) 中国农业科学院农科英才项目~~ 

主　　题：印度华首线虫 核糖体DNA 线粒体DNA 序列分析 

摘      要：目的分析印度华首线虫的核糖体基因和线粒体基因序列,探讨其作为分子标记的应用潜力。方法 2016年6月,于湖南省长沙市长沙县榔梨镇捕捉到2条野生大王蛇,并从蛇体内分离获得7条印度华首线虫。提取7条印度华首线虫基因组DNA, PCR扩增核糖体DNA内转录间隔区1和2 (ITS-1和ITS-2)、 5.8S、线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基1 (cox1)、核糖体RNA小亚基12S、 ATP酶亚基6 (atp6)、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚基4 (nad4)基因,测序。采用ClustalX 1.83软件拼接各基因测序结果,并进行多序列比对。基于cox1、 12S、 atp6、 nad4线粒体基因序列,以旋盘尾丝虫为外群,采用贝叶斯(BI)法构建系统进化树,分析7条印度华首线虫PCR扩增序列的种内变异。结果ITS-1、 5.8S和ITS-2扩增产物长度约为900 bp, cox1、 12S、atp6和atp4扩增产物长度依次约为400、 600、 500和400 bp。ITS-1、 5.8S和ITS-2的A+T含量为52.6%～53.7%,高于G+C含量(46.3%～47.4%), cox1、 12S、 atp6和atp4的A+T含量分别为67.1%～68.9%、 76.9%～77.4%、 73.0%～75.5%和70.3%～73.3%,均高于其G+C含量(31.1%～32.9%、 22.6%～23.1%、 24.5%～27.0%和26.7%～29.7%)。ITS-1、 5.8S、 ITS-2、 cox1、 12S、 atp6和atp4的种内变异依次为0～2.5%、 0、 0～5.0%、 0～2.6%、 0～3.7%、 0.7%～8.7%和0～11.0%。7条印度华首线虫线粒体基因序列聚于一支,与钩口科锡兰钩口线虫的亲缘关系最近。结论印度华首线虫核糖体基因序列中ITS-2变异程度最大,有望成为研究印度华首线虫种内变异的理想分子标记。线粒体基因序列变异程度从低到高依次为cox1 12S atp6 nad4, nad4是研究印度华首线虫遗传多样性的理想线粒体分子标记。