雷蒙德氏棉和拟南芥基因启动子中顺式作用元件的分布

作     者：孙高飞 何守朴 杜雄明 SUN Gao-Fei;HE Shou-Pu;DU Xiong-Ming

作者机构：中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室安阳455000 安阳工学院计算机科学与信息工程学院安阳455000 

出 版 物：《遗传》 (Hereditas（Beijing))

年 卷 期：2013年第35卷第10期

页      面：1226-1236页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 1002[医学-临床医学] 07[理学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家科技支撑计划项目(编号:2013BAD01B03)资助 

主　　题：雷蒙德氏棉 全基因组 顺式作用元件 

摘      要：随着雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii)基因组草图的完成,相关的基因组学研究已经全面展开。文章利用已公布的雷蒙德氏棉和拟南芥基因组序列,结合顺式作用元件(cis-regulatory element,CRE)数据库PLACE中的CRE序列信息,对两个物种中带有5′UTR注释的基因启动子上游1 000 bp序列进行CRE扫描和统计。结果表明,雷蒙德氏棉和拟南芥基因组中分别有44(12.3%)和57(15.5%)个CRE在启动子的特定位置呈峰状分布,其中在两个基因组均呈峰状分布的有34个,这些CRE又可以根据核心序列分为4大类。TATABOX类CRE顶峰在启动子中出现的位置和其真实位置(~30 bp)具有一致性,预示CRE真实位置在不同基因启动子中相对保守,从而推测本研究中呈峰状分布CRE的顶峰位置可能就是转录因子和该CRE结合的真实位置。而同一CRE在两个基因组中存在的位置差异则主要源于雷蒙德氏棉基因的5′UTR长度变异大于拟南芥。另外,文章还发现绝大多数峰状分布的CRE的位置都集中在110 bp^0 bp之间,这种集中的分布可能更有利于转录因子之间相互作用,从而调控下游基因的表达。