大豆花叶病毒CP基因密码子使用偏性分析

作     者：黄赛花 袁瑗 王成坤 任锐 何卓伟 智海剑 HUANG Sai-hua;YUAN Yuan;WANG Cheng-kun;REN Rui;HE Zhuo-wei;ZHI Hai-jian

作者机构：南京农业大学大豆研究所国家大豆改良中心作物遗传与种质创新国家重点实验室江苏南京210095 

出 版 物：《中国油料作物学报》 (Chinese Journal of Oil Crop Sciences)

年 卷 期：2015年第37卷第2期

页      面：148-153页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 0901[农学-作物学] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：国家转基因专项(2008ZX08004-004) 国家自然科学基金(31171574,31371646) 大豆产业技术体系(CARS-004) 

主　　题：大豆花叶病毒 CP基因 密码子偏好性 

摘      要：大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用。运用CUSP和Codon W等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较。结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致。ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响。聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致。通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础。