利用公共数据库挖掘肿瘤关键基因
Data mining in public data base to explore key tumor associated genes作者机构：江西省儿童医院检验科江西南昌330006 南昌大学第二附属医院江西南昌330006
出 版 物：《实验与检验医学》 (Experimental and Laboratory Medicine)
年 卷 期：2015年第33卷第6期
页 面：711-713,744页
学科分类：1002[医学-临床医学] 100214[医学-肿瘤学] 10[医学]
主 题：肿瘤数据库 基因表达 R/BioConductor 数据挖掘
摘 要：目的利用公共数据库挖掘肝癌发生过程的关键基因,为后续的功能验证奠定基础。方法以肝癌表达谱芯片数据GSE33006为例,采用免费开源的R/Bio Conductor分析工具,介绍基本分析步骤,对肝癌表达谱数据进行分析。结果芯片数据GSE33006中,差异表达基因有2134个,同一基因在癌组织和癌旁组织具有不同的表达模式,说明该基因与肝癌相关;同一基因在不同的癌组织表达存在差异,说明肝癌存在异质性。结论在公共数据库中挖掘肿瘤关键基因能为研究者提供生物信息学信息,能减少研究范围。
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