基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因

作     者：刘瑞莉 吴磊 袁玮 柏学进 吕娟娟 董雅娟 LIU Ruili;WU Lei;YUAN Wei;BAI Xuejin;LV Juanjuan;DONG Yajuan

作者机构：青岛农业大学动物胚胎工程中心山东青岛266109 山东省黑牛繁育工程技术研究中心山东青岛266109 山东布莱凯特黑牛科技股份有限公司山东淄博256306 

出 版 物：《华北农学报》 (Acta Agriculturae Boreali-Sinica)

年 卷 期：2018年第33卷第A1期

页      面：64-72页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：山东省现代农业产业技术体系牛产业创新团队建设(668/2216030) 

主　　题：布莱凯特黑牛 鲁西黄牛 转录组 骨骼肌 

摘      要：旨在基于转录组筛选肉牛骨骼肌差异基因,探究差异基因对骨骼肌转录调控的影响,鉴定其与肌肉生长发育的关系,为研究骨骼肌生长发育的分子机制提供理论依据。采取12月龄的布莱凯特黑牛和鲁西黄牛背最长肌,利用Illumina 2500进行转录组测序,通过综合生物信息学分析(差异基因筛选、GO分类、KEGG富集分析和蛋白互作网络等)筛选骨骼肌差异的调控基因。布莱凯特黑牛和鲁西黄牛2个文库分别存在13 242,13 350个基因,共计13 758个基因。5 500个基因表达量相同,约占总参考基因的39. 98%,8 258个基因表达量有所不同,占比60. 02%。获得554个差异显著的基因作为差异表达基因,其中296个基因表达上调,258个基因表达下调。GO功能注释结果显示,生物学过程、细胞组分和分子功能分别包括22 641,7 720和4 414个基因,其中29个基因与肌细胞的发育和分化有关; KEGG富集到Wnt、CMC、TGF-β、DCM、ROAC、VSMC 6条肌肉生长发育相关通路,筛选骨骼肌候选基因MYL2、MYL3和MYLPF。MYL2、MYL3和MYLPF是Wnt、DMC和TGF-β信号通路中的成员,参与了肌细胞和肌肉组织的形成的过程,推测MYL2、MYL3和MYLPF在骨骼肌生长发育过程中发挥重要作用。