植入(l,d)模体发现若干算法的实现与比较

作     者：胡宏涛 龚逸文 HU hongtao;GONG Yiwen

作者机构：西安石油大学计算机学院西安710065 

出 版 物：《智能计算机与应用》 (Intelligent Computer and Applications)

年 卷 期：2019年第9卷第1期

页      面：211-213页

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程(可授管理学、工学学位)] 

主　　题：模体发现 生物信息学 算法 

摘      要：模体发现是生物信息学的核心问题之一,对于研究基因表达的调控机制有着极为重要的生物意义。植入(l,d)模体发现(Planted (l,d) motif search,PMS)是模体发现领域中一个广为接受的问题模型。本文主要研究了4个基础的算法解决模体发现问题,这些算法可以帮助人们理解模体发现问题。4个精确算法主要包括:(1)实现基于候选模体实例字符串深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PMS问题。(2)实现基于候选模体字符深度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。(3)实现基于候选模体字符广度优先搜索+剪枝思想解决的位点比对的PM S问题。(4)实现PM SP算法。