不同大小规格墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)转录组分析及生长相关基因筛选

作     者：谭杰 姚高友 陶雅晋 刘志刚 刘付少梅 Tan Jie;Yao Gaoyou;Tao Yajin;Liu Zhigang;Liu Fushaomei

作者机构：广东海洋大学水产学院湛江524088 广东省南海经济无脊椎动物健康养殖工程研究中心湛江524088 湛江银浪海洋生物技术有限公司湛江524022 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2019年第38卷第1期

页      面：40-50页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：广东省南海经济无脊椎动物健康养殖工程技术研究中心项目资助 

主　　题：墨西哥湾扇贝 转录组 生长相关基因 分子标记 

摘      要：墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)是中国双壳贝类养殖的重要经济品种,具有较高的研究价值,然而,转录组学及基因组学信息的匮乏,严重制约了该贝的遗传改良进程。本研究基于Illumina Hi SeqTM2000平台,对5月龄大规格(平均体质量16.05 g)和小规格(平均体质量5.57 g)墨西哥湾扇贝进行转录组测序,经de nove组装,大、小规格墨西哥湾扇贝分别获得120 563和118 794条高质量unigenes,unigene的平均长度分别为944 bp和969 bp;按照FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1的原则,共筛选出9 901个差异表达基因,其中,大规格组相对于小规格组,上调基因4 976个(50.26%),下调基因4 925个(49.74%);六大公共数据库Blast比对结果显示,差异表达基因在Nr数据库的注释率最高,其次是GO数据库;从已获功能注释的差异表达基因中筛选得到47个生长相关候选基因,涉及多个生长因子及其受体;GO功能富集结果显示,膜、L-氨基酸运输和糖基键水解酶活性分别是细胞组分、生物过程和分子功能富集unigene最多的条目;Pathway富集分析发现,3 699条差异表达基因被成功注释到252条代谢通路中,其中33条为显著性富集通路(p0.05),富集度最高的是焦点粘附;大规格组中共鉴定出10 870个SSRs和242 551个SNPs,小规格组中共鉴定出10 857个SSRs和228 121个SNPs。研究结果为墨西哥湾扇贝分子标记批量开发、功能相关基因挖掘以及分子遗传育种提供了理论数据支撑。