拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析

作     者：冯英 刘庆坡 贾佳 薛庆中 FENG Ying;LIU Qing-Po;JlA Jia;XUE Qing-Zhong

作者机构：浙江大学农业与生物技术学院杭州310029 

出 版 物：《Acta Genetica Sinica》 (Acta Genet. Sin.)

年 卷 期：2005年第32卷第8期

页      面：864-873页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：国家自然科学基金(编号:39870421) 浙江省重点科研项目(编号:2003C22007)~~ 

主　　题：丝氨酸羧肽酶 基因家族 拟南芥 系统发生 进化 

摘      要：基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。