中国荷斯坦牛初产日龄遗传评估及全基因组关联分析

作     者：刘澳星 郭刚 王雅春 郭翔羽 张旭 刘林 石万海 李锡智 苏国生 张勤 

作者机构：中国农业大学北京100193 北京首农畜牧发展有限公司北京100029 丹麦奥胡斯大学丹麦切勒8830 北京奶牛中心北京100085 

出 版 物：《畜牧兽医学报》 (ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA)

年 卷 期：2015年第46卷第3期

页      面：373-381页

核心收录：

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 

基　　金：“十二五”科技支撑计划(2011BAD28B02 2012BAD12B06) 现代农业(奶牛)产业技术体系建设专项资金(CARS-37) 

主　　题：中国荷斯坦牛 繁殖性状 初产日龄 遗传评估 全基因组关联分析 

摘      要：基于高通量SNPs测序的全基因组关联分析为奶牛繁殖性状相关基因的探索提供了契机。本研究基于课题组前期中国荷斯坦牛基因组测序芯片的结果,通过DMU(v 6.0)采用AI-REML结合EM算法的动物模型对北京地区2001-2011年10年间19 111头中国荷斯坦母牛初产日龄记录进行遗传参数估计,并应用PLINK(v 1.07)将大群估计的2 172头中国荷斯坦母牛初产日龄性状的育种值(EBV)作为表型值,进行基于无关群体设计的全基因组关联分析。通过全基因组水平的Bonferroni校正,共检测到1 700个SNPs与初产日龄显著相关。选取P值达到10-15的43个SNPs进行初步分析,其中12个位于X染色体上。显著SNPs上下游200kb范围内存在KLHL4、TRAM1、TRAM2、ZNF438、MATK等繁殖障碍疾病相关基因。7号染色体1 Mb(20.42~21.52 Mb)区域内多个SNPs位点与初产日龄显著相关。这些基因和区域可以作为影响初产日龄性状的重要候选基因和区域,为揭示奶牛繁殖性状的分子遗传基础积累了素材。