口蹄疫病毒株AF72 VP3的结构模拟与分析

作     者：陈启伟 王永录 张永光 潘丽 方玉珍 蒋守田 吕建亮 周鹏 张中旺 张昱 张淑刚 杜进鑫 李正丰 王刚 CHEN Qi-Wei1,2 WANG Yong-Lu1 ZHANG Yong-Guang1 PAN Li1 FANG Yu-Zhen1 JIANG Shou-Tian1 LV Jian-Liang1 ZHOU Peng1 ZHANG Zhong-Wang1 ZHANG Yu1 ZHANG Shu-Gang1 DU Jin-Xin1,2 LI Zheng-Feng1,2 WANG Gang1(1.Key Laboratory of Animal Virology of Agriculture,State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology,Lanzhou Veterinary Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Lanzhou,Gansu 730046,China)(2.College of Veterinary Medicine Gansu,Agricultural University,Lanzhou,Gansu 730070,China)

作者机构：中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室农业部畜禽病毒学重点开放实验室甘肃兰州730046 甘肃农业大学动物医学院甘肃兰州730070 

出 版 物：《微生物学通报》 (Microbiology China)

年 卷 期：2009年第36卷第11期

页      面：1716-1722页

核心收录：

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家"十一五"支撑计划项目(No.2006BAD06A06) 

主　　题：口蹄疫病毒 VP3结构蛋白 3D结构 B细胞表位 

摘      要：以口蹄疫病毒株AF72RNA为模板，反转录并扩增目的基因，PCR纯化产物与pGEMT—Easy载体连接并转化JM109菌株，用凝胶电泳、PCR和SpeI／SphI双酶切法鉴定为阳性的重组质粒进行测序。比对测序结果确定AF72VP3的核苷酸序列，利用同源建模的方法建立AF72VP3结构蛋白的3D结构，在此基础上，综合亲水性、可塑性、抗原指数以及表面可能性等参数预测AF72VP3结构蛋白的B细胞抗原表位。分析表明，口蹄疫病毒VP1、VP2、VP3和VP4在核苷酸水平上的变异率是无差异的（P〉0．05）；而它们在氨基酸水平上的变异率差异显著（P〈0．05）。该毒株与20株源于GenBank中的VP3氨基酸序列比对发现其保守区主要位于第1～24、24～35、36～42、45～56、65～122、124～172、177～210、211～219位。AF72VP3结构蛋白三维空间结构可分为A、B和c3个结构区域，蛋白呈现较规则的空间构象，其中18～23、30～44、60～75、113～124、130～142、193～220氨基酸区段是AF72VP3结构蛋白可能的B细胞抗原表位区域，该结果将为进一步的FMDV多表位疫苗研究提供更有价值的参考信息。