胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

作     者：冯怡 张智俊 张舍龙 罗淑萍 

作者机构：浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地浙江临安311300 新疆农业大学农学院新疆乌鲁木齐830052 

出 版 物：《安徽农业科学》 (Journal of Anhui Agricultural Sciences)

年 卷 期：2011年第39卷第36期

页      面：22217-22219,22276页

学科分类：09[农学] 0903[农学-农业资源与环境] 

基　　金：浙江省自然科学基金资助项目(Y307469) 浙江农林大学人才启动基金项目 

主　　题：胡桃 EST-SSR 微卫星 引物 

摘      要：[目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Jug-lans regia Linn.)ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用Primer 3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12 kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的 31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。