DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响

作     者：范慧君 王静 梁兴国 Huijun Fan;Jing Wang;Xingguo Liang

作者机构：中国海洋大学食品科学与工程学院山东青岛266003 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋药物与生物制品功能实验室山东青岛266237 

出 版 物：《生物技术》 (Biotechnology)

年 卷 期：2018年第28卷第3期

页      面：242-248页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[理学-遗传学] 0901[农学-作物学] 0836[工学-生物工程] 090102[农学-作物遗传育种] 

基　　金：国家自然科学基金项目("高核酸背景下的DNA预扩增及检测技术" No.31571937) 

主　　题：定量PCR 发卡 环部大小 GC含量 扩增效率 

摘      要：[目的]探究模板引物结合区发卡对定量PCR的影响及优化方法。[方法]用分布连接法构建一系列在模板引物结合区含环大小为5~60 nt,茎长9 bp的DNA模板,考察发卡环部大小、茎干区GC含量对q PCR扩增效率的影响,再针对引物浓度、引物长度及退火温度来优化含发卡结构DNA模板的扩增。[结果]环区为5~40 nt时,其Ct值比对照组高1.3~4.2,对q PCR的抑制作用与环大小成负相关;茎长9 bp发卡结构当GC含量达3 bp以上时会对定量扩增产生明显抑制作用;增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可提高发卡模板的扩增效率。[结论]模板引物结合区环大小在40 nt以内,茎长达9 bp的发卡结构对q PCR扩增会产生抑制作用,通过增加引物长度、提高引物浓度和退火温度可缓解此类抑制。