H5N8流感病毒密码子偏爱性及聚类分析

作     者：田明明 魏雪玲 杨兴 宋秀锋 李光华 刘奇 TIAN Ming-ming;WEI Xue-ling;YANG Xing;SONG Xiu feng;LI Guang-hua;LIU Qi

作者机构：大理大学基础医学院医学微生物学及免疫学教研室云南大理671000 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2018年第13卷第5期

页      面：494-498,503页

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(No.81660337 81703573) 

主　　题：禽流感病毒 偏爱性分析 ENC-Polt分析 聚类分析 

摘      要：目的探索H5N8流感病毒相关蛋白的密码子偏爱性及其变化趋势。方法运用CUSP、CodonW等生物信息软件对2000年以来的H5N8流行株相关蛋白的编码序列进行密码子偏爱性分析,并以重要的人类流感病毒作为参照进行聚类分析。结果 H5N8流感病毒相关蛋白的有效密码子数目(ENC)值均较高,密码子偏性总体较低;相关蛋白的偏爱密码子有差异性。ENC-Plot及中性分析显示,H5N8在进化过程中主要受自然选择因素的影响。聚类分析显示,除NA蛋白的密码子偏爱性相对稳定外,其他蛋白在2010、2014、2016年流行株发生了明显改变。结论近年来H5N8在环境压力下发生快速突变,其跨物种感染人的风险进一步加强,而NA密码子偏爱性变化可能是监测的重点。