基于转录组测序的黄麻SSR分子标记开发与初步验证

作     者：陶爱芬 陈婉婷 祁建民 徐建堂 林荔辉 林培清 张立武 方平平 TAO Aifen, CHEN Wanting, QI Jianmin, XU Jiantang, LIN Lihui, LIN Peiqing, ZHANG Liwu, FANG Pingping

作者机构：福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室/福建省分子设计育种实验室福州350002 

出 版 物：《中国农业大学学报》 (Journal of China Agricultural University)

年 卷 期：2018年第23卷第6期

页      面：24-32页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31471549) 现代农业产业技术体系建设项目(CARS-19-E06) 

主　　题：黄麻 转录组 SSR分子标记 开发 

摘      要：为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。