分子动力学模拟HPV(16,18)E6蛋白

作     者：张雯雯 康文渊 邹金晶 毕振飞 豆荣昆 茆灿泉 ZHANG Wen-wen,KANG Wen-yuan,ZOU Jin-jing,BI Zhen-fei,DOU Rong-kun,MAO Can-quan

作者机构：西南交通大学生命科学与工程学院四川成都610031 

出 版 物：《现代生物医学进展》 (Progress in Modern Biomedicine)

年 卷 期：2018年第18卷第4期

页      面：610-615页

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 10[医学] 

主　　题：HPV E6蛋白 同源建模 分子动力学模拟 

摘      要：目的:对人乳头瘤病毒HPV16,18中E6蛋白结构进行分子模拟和分析,寻找可以作为蛋白-配体相互作用的关键结构区域。方法:以HPV16 E6蛋白为模板,对HPV18 E6蛋白进行同源建模,对构建的HPV18 E6模型以及晶体结构模型HPV16 E6进行分子动力学模拟,通过微观上的loop环分析和宏观上的整体运动分析研究了HPV18 E6与HPV16 E6在溶剂环境下结构变化的异同。结果:发现靠近N端loop环在蛋白-配体结合过程中能介导控制配体、水、离子进出的门控的作用,解释了两个蛋白在水溶剂中的运动构象的变化。结论:本研究解释了HPV16 E6与HPV18 E6两个蛋白在溶剂中的运动机制,并发现了loop环在其中扮演门控的作用,解释了两个蛋白在水溶剂中的运动构象的变化,该发现能够为基于两个蛋白为靶点的药物设计提供理论依据。