结核分枝杆菌eis基因及其编码蛋白的生物信息学分析

作     者：张西燕 付玉荣 伊正君 ZHANG Xi yan1 , FU Yu-rong2 , YI Zheng-jun1

作者机构：潍坊医学院医学检验学系山东潍坊261053 潍坊医学院病原生物学教研室 

出 版 物：《中国病原生物学杂志》 (Journal of Pathogen Biology)

年 卷 期：2018年第13卷第2期

页      面：140-145,151页

学科分类：1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 10[医学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(No.30972639) 山东省自然科学基金项目(No.ZR2016HM09) 

主　　题：eis基因 Eis蛋白 结核分枝杆菌 巨噬细胞 生物信息学 

摘      要：目的获取结核分枝杆菌(H37Rv)的eis基因序列及其编码蛋白(Eis蛋白)的氨基酸序列,预测和分析该蛋白的结构和功能。方法从NCBI BenBank数据库获取eis基因及其编码蛋白序列,利用ORF Finger工具分析eis基因的开放阅读框;利用Expasy PortParam、SignalP 4.0Server、TMHMM Server v.2.0、SOPMA、BLAST、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI以及NetMHCIIpan 3.1Server等软件对Eis蛋白的生物学特性进行预测分析。结果结核分枝杆菌eis基因全长1 164bp,有7个开放阅读框,最长一个被通读,编码387个氨基酸。Eis蛋白分子式C1870H2958N550O542S11,等电点(pI)为6.46,属于不稳定、疏水性蛋白;无跨膜区,信号肽切割位点位于第21位氨基酸处;二级结构预测无规则卷曲占30.23%,含有一个保守结构域;建立同源三级模型,GMQE为0.98;预测该蛋白至少含有6个B细胞优势抗原表位和14个优势CTL表位。优势抗原表位数个。结论生物学信息学方法预测结核分枝杆菌的Eis蛋白具有优势T、B细胞抗原性表位,所含保守结构域与其功能密切相关。eis基因以及Eis蛋白与结核分枝杆菌抑制细胞自噬及其耐药机制密切相关,可作为抗结核治疗的切入点。